แม้จะเป็นเอกราชอย่างสมบูรณ์จากพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 7 แห่งเลออนแล้ว แต่โปรตุเกสยังต้องการการยอมรับจากดินแดนข้างเคียง, จากคริสตจักรคาทอลิก และจากสมเด็จพระสันตะปาปา ว่ามีสถานะเป็นราชอาณาจักร พระเจ้าอาฟงซูอภิเษกสมรสกับมาฟัลดาแห่งซาวอย บุตรสาวของอามาเดอุสที่ 3 เคานต์แห่งซาวอย และส่งราชทูตไปโรมเพื่อเจรจากับสมเด็จพระสันตะปาปา ทรงหลุดพ้นจากการเป็นประเทศราชของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 7 แหงเลออนผู้เป็นลูกพี่ลูกน้อง และกลายเป็นข้าราชบริวารของสมเด็จพระสันตะปาปาแทน เหมือนเช่นกษัตริย์แห่งซิซิลีและกษัตริย์แห่งอารากอนที่เป็นก่อนพระองค์

พระองค์สร้างอารามและคอนแวนต์หลายแห่งในโปรตุเกส ที่โดดเด่นคืออารามอัลกูบาซา ในปี ค.ศ. 1143 มีพระราชสาสน์ถึงสมเด็จพระสันตะปาปาอินโซเซนต์ที่ 3 ประกาศว่าพระองค์และราชอาณาจักรเป็นข้าของศาสนจักร ทรงสาบานว่าเดินหน้าขับไล่ชาวมัวร์ออกจากคาบสมุทรไอบีเรียต่อไป ในปี ค.ศ. 1147 ทรงพิชิตซังตาไรและลิสบอน[5] ทั้งยังพิชิตพื้นที่สำคัญทางตอนใต้ของแม่น้ำเทกัส แม้ชาวมัวร์จะยึดคืนไปได้ในปีต่อมา

ขณะเดียวกันพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 7 แห่งเลออน ลูกพี่ลูกน้องของพระเจ้าอาฟงซูมองการประกาศอิสรภาพของโปรตุเกสเป็นเพียงการก่อกบฏ ความขัดแย้งระหว่างสองอาณาจักรเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องตลอดหนึ่งปีต่อมา พระเจ้าอาฟงซูเข้าร่วมทำสงครามอยู่ฝั่งเดียวกับราชอาณาจักรอารากอน เป็นศัตรูกับราชอาณาจักรกัสติยา เพื่อเป็นการผนึกสัมพันธไมตรี ซังชู พระโอรสของพระองค์ถูกจับหมั้นหมายกับด็อลเซ น้องสาวของเคานต์แห่งบาร์เซโลนาและเป็นอินฟันตาแห่งอารากอน สุดท้ายหลังคว้าชัยที่สมรภูมิวัลดือเวช สนธิสัญญาซาโมรา (ค.ศ. 1143) ทำให้ลูกพี่ลูกน้องทั้งสองคืนดีกัน และราชอาณาจักรเลออนยอมรับว่าโปรตุเกสคือราชอาณาจักรที่มีกษัตริย์ปกครอง

ในปี ค.ศ. 1169 พระเจ้าอาฟงซูในวัยชราไม่สามารถสู้รบใกล้กับบาดาโฆซได้เนื่องจากตกจากหลังม้า และถูกทหารของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 แห่งเลออน ซึ่งมีศักดิ์เป็นพระชามาดาจับตัวเป็นนักโทษ โปรตุเกสเสียค่าไถ่ตัวพระองค์เป็นดินแดนเกือบทั้งหมดที่พระเจ้าอาฟงซูพิชิตมาจากราชอาณาจักรกาลิเซีย (ทางตอนเหนือของแม่น้ำมิญญู) เมื่อปีก่อน[5]ในปี ค.ศ. 1184 อะบู ยะอ์กูบ ยูซุฟ กาหลิบของกลุ่มอัลโมฮัด ยกทัพใหญ่มาตอบโต้การรุกรานของโปรตุเกส เนื่องจากสนธิสัญญาพักรบห้าปีได้สิ้นสุดไปเมื่อปี ค.ศ. 1178 กลุ่มอัลโมฮัดปิดล้อมโจมตีซังตาไรที่มีซังชู ทายาทของพระเจ้าอาฟงซูปกป้องเมืองอยู่ การปิดล้อมของกลุ่มอัลโมฮัดล้มเหลวเมื่อได้ทราบข่าวว่าอัครมุขนายกแห่งกอมโปสเตลาเดินทางมาคุ้มครองเมืองและพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 แห่งเลออนได้ยกทัพมาด้วยพระองค์เอง กลุ่มอัลโมฮัดล้มเลิกการปิดล้อมและถอยทัพกลับไปเนื่องจากเกิดความแตกตื่นในค่ายทหาร กาหลิบของกลุ่มอัลโมฮัดได้รับบาดเจ็บและเสียชีวิตระหว่างเดินทางกลับเซบิยา หลังจากนั้นไม่นานพระเจ้าอาฟงซูสิ้นพระชนม์ในวันที่ 6 ธันวาคม ค.ศ. 1185 ด้วยพระชนมายุ 76 พรรษา ครองราชย์ได้ 46 ปี ชาวโปรตุเกสยกย่องพระองค์เป็นวีรบุรุษ ทั้งจากอุปนิสัยส่วนตัวและจากการเป็นผู้ก่อตั้งชาติ[5]